Tu saldo de horas es la diferencia acumulada entre lo que se esperaba de ti y lo que realmente registraste, así que un día con un objetivo que no pudiste cumplir normalmente lo haría bajar.

Marcar un día como vacaciones, baja por enfermedad o cualquier otro día especial evita justo eso: ninguno de ellos lleva un objetivo horario propio, así que sencillamente no cuentan contra tu saldo — no hace falta añadir ninguna excepción manual.