O que acontece ao meu saldo de horas durante as férias ou uma baixa por doença?

O seu saldo de horas é a diferença acumulada entre o que era esperado de si e o que realmente registou, por isso um dia com uma meta que não conseguiu cumprir normalmente faria o saldo descer.

Marcar um dia como férias, baixa por doença ou qualquer outro dia especial evita exatamente isso: nenhum deles tem uma meta de horas própria, por isso simplesmente não contam contra o seu saldo — não é preciso adicionar nenhuma exceção manual.